События X-Men: Destiny развиваются в Сан-Франциско, который был поделен людьми и мутантами на две части в результате возникшего конфликта между ними. Игрок выступает в роли одного из новых мутантов, присоединившегося к Людям Икс. Сюжет построен так, что решения, принимаемые игроком, влияют на его дальнейшее развитие.