Действие фильма происходит в современном Сан-Франциско и строится вокруг ученого, генетические эксперименты которого привели к возникновению высокоразвитого интеллекта у обезьян. Приматы, осознав свое подчиненное положение, поднимают восстание и лишают человека звания царя природы. Главный герой истории — доктор по имени Уилл, который ищет лекарство против болезни Альцгеймера, поразившей его отца. Он экспериментирует на обезьянах, создавая вирус, способный проникать в ткань мозга и восстанавливать его функции. После того, как исследования закрывают, Уилл остается с одним приматом — отпрыском самого многообещающего подопытного. Юный Цезарь невероятно умён и со временем мутация и эволюция делают свое чёрное дело — Цезарь все меньше походит на обезьяну и даже овладевает человеческой речью. Смена доминирующего вида планеты происходит, когда человечество подкашивает недетская катастрофа, а Цезарь тут как тут — лидер армии обезьян. Фильм является предисторией сюжета "Планета обезьян&qu