В момент своего уничтожения марсианская цивилизация отправила в космос мощный сигнал, достигший огромного космического корабля, упавшего на Землю (в Мексиканский залив) миллионы лет назад. В 2040 году новая угроза, на этот раз исходящая из морских глубин, заставляет правительства ведущих стран мира возродить организацию X-COM.